História

O mangá é dividido em três histórias que se entrelaçam. As histórias são; Junjou Romantica (a principal), Junjou Egoist e Junjou Terrorist.

Junjou Romantica; Narra a história do estudante Misaki Takahashi de 18 anos que deseja entrar na faculdade, mas para isso ele precisa melhorar seu desempenho. Eis que surge Akihiko Usami, amigo de adolescencia do seu irmão mais velho Takahiro Takahashi e, um escritor super famoso que adota o apelido de Usagi (coelho em japonês), que a pedido do seu irmão passa a ser seu tutor. Mas apesar da boa aparência e do intelecto que aparenta, Misaki não tem uma boa impressão do seu futuro tutor, já que Usami na verdade é mais uma criança grande, com o quarto (literalmente) cheio de brinquedos e ursos de pelúcia.
Contudo, somente quando Misaki é aprovado na universidade que a história deles se inicia, pois seu irmão, por quem Usami sempre foi profundamente apaixonado, se casa e é transferido para Osaka, tendo que Misaki ficar aos cuidados de Usami. Iniciando daí um relacionamento romântico entre eles.

Junjou Egoist; Conta a história de Hiroki Kamijou, um professor de Literatura com um péssimo temperamento, e que é apaixonado pelo seu amigo de infância Akihiko Usami. Mesmo sabendo que o tal é apaixonado por Takahiro Takashi (Egoist tem início 6 anos antes do Romantica). Quando Hiroki está desencantado com a sua própria vida, e começa a chorar em um parque, o estudante de medicina pediátrica Nowaki Kusama, o encontra e pede para que ele seja seu tutor. Estranhando o desempenho perfeito do garoto (que tem quase 1.90m de altura, apesar de ser 4 anos mais novo que Hiroki), Hiroki é pego pelo tufão (Niwoka significa tufão em japonês) dos sentimentos do jovem estudante que se declara apaixonado por ele.
Não demora para que Hiroki acabe se apaixonando perdidamente por Niwoka, criando um amor egoísta entre eles devido ao grande ciúmes que ambos tem entre si.

Junjou Terrorist; Relata a história do professor You Miyagi de 35 anos, professor de Literatura e chefe de Hiroki Kamijou, com quem tem uma estranha amizade, que vê sua vida transformada quando o colegial Shinobu Takatsuki, filho do seu chefe e irmão da sua ex-esposa, volta da Austrália para fazê-lo tomar a responsabilidade pelo seu destino, que é amá-lo. Assustado com aquilo Hiroki acha tudo muito engraçado, pois o mesmo se acha impossível de amar novamente após a morte sua professora (ele casou-se com a irmã de Shinobu mais pelo fato de que ela era filha do chefe, mas se separou pois ela o traiu) quando tinha 17 anos.
Mas como um verdadeiro terrorista, Shinobu muda completamente a vida de Miyagi, o fazendo encontrar novamente o amor, e acreditar que talvez exista destino.